1913 yılında Altıyol ağızındaki lokalde kupa ve heykellerin sayısı 10’a ulaşınca bunlar için küçük bir vitrin satın alındı.
1914 yılında Kuşdili’nde iki katlı ahşap Lokale geçildiğinde git gide zengin bir kimliğe bürünen müze için ikinci katta bir oda ayrıldı. Kazanılan ödülleri koymak için yeni vitrinler yaptırıldı.
1932 yılında ki yangına dek oturacağımız Kuşdili lokalinde ödüllere (kupalara) ayrılan bu küçük odanın da bir süre sonra yetmediği, ihtiyacı karşılamadığı göründü. Kupa, şilt ve vazoların bir bölümü diğer odalara alt kattaki büyük salona konmaya başlandı.
Fenerbahçe Spor Kulübünün kupa sayısı 1932 yazı başlarında 150’yi aşmıştı. Ancak kulübün ilk 25 yıllık faaliyetlerinin kanıtı olan bu kupa, şilt v.b. ödüller 5/6 haziran 1932 gecesi çıkan yangında kulüp binası ile birlikte yandı.
Sıfırlanan Fenerbahçe Müzesi yangından sonra hemen ve yeniden doğdu. 1932 yılından sonra çalışma dallarının çeşitlenmesi ile de her yıl kazanılan sayısız kupa, şilt, plaketler ile günümüze dek gelindi.
Fenerbahçe burnundaki sosyal tesislerin açılmasından sonra uzun yıllar kazanılan kupa, şilt ve plaketler oradaki vitrinlerde sergilendi.
Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu stadının yeniden yapılması sırasında Aziz Yıldırım başkanlığındaki yönetim kurulumuz Avrupa standartlarının üzerinde modern bir müzenin stadımızın içinde kurulması kararını aldı. Bu karar kısa bir sürede hayata geçirildi. Fenerbahçe Spor Kulübü Müze Tarih ve Arşiv Kurulu Başkanı sayın Sertaç Kayserilioğlu’nun önderliğinde yaklaşık bir yıl süren yoğun çalışmalardan sonra müzenin resmi açılışı 19 ekim 2005 tarihinde yapıldı.
